Si sente sempre più parlare, oltre che di celiachia, anche di intolleranza al glutine. Le sempre migliori tecniche di diagnosi hanno portato infatti a distinguere queste due patologie: la prima, la celiachia, è una patologia definitiva legata al glutine che non può in alcun modo guarire nel corso del tempo e la cui unica "cura" è una dieta priva di glutine che, di fatto, non fa scoparire la celiachia, ma fa recedere i sintomi. La seconda, l'intolleranza al glutine, sembra invece possa guarire.
Verifiche sperimentali sempre più affidabili cominciano ad individuare una nuova forma di patologia legata al glutine; i sintomi dell'intolleranza al glutine sono del tutto simili a quelli della celiachia e quindi attualmente spesso viene confusa. Si è anche rilevato che l'incidenza dell'intolleranza al glutine rispetto alla celiachia sulla popolazione è di ben dieci volte superiore. Se infatti si stima che una persona su 100 sia celiaca, l'intolleranza al glutine sembra presentarsi nel 10% dei casi, anziché nell'1%.
La differenza sostanziale tra le due patologie è che dalla intolleranza al glutine si può guarire completamente e tornare ad un regime alimentare normale. Questa differenza è dovuta al fatto che mentre la celiachia deve i suoi disturbi permanenti in caso di presenza di glutine ad una risposta autoimmune collegata alla immunità adattiva, nel caso della intolleranza al glutine (anche detta gluten sensitivity) si ha una infiammazione legata alla immunità innata.
In alcuni casi di diagnosi di celiachia è quindi possibile che non si sia di fronte a questa malattia, ma ad una più comune e non permanente "intolleranza al glutine".