Le micotossine sono elementi che derivano dal metabolismo delle muffe che possono attaccare diversi alimenti e sono aflatossine, ocratossina A, fumonisina e zearalenone. Propio il mais, alimento base della dieta di ogni celiaco, sembrerebbe essere più predisposto per la sua propria struttura genetica ad essere attaccato da questi elementi. Da un accordo tra l'Associazione Italiana Celiachia (AIC) e l'ISS nasce uno studio di durata triennale che esaminerà prodotti per celiaci contenenti proprio mais, campioni del latte materno di soggetti celiaci, oltre a fluidi biologici degli intolleranti.
Molto diffuse in natura e non facilmente eliminabili grazie a cottura o surgelazione degli alimenti sono tenute sotto controllo dal Rapid Alert System for Food and Feed per impedire che una diffusione incontrollata delle micotossine possa compromettere rapidamente moli di materie prime e mangimi.